Cuando desactivas y borras un plugin, se borran los ficheros del mismo del directorio plugins y aparte se ejecuta el hook de desinstalación register_uninstall_hook, si es que existe y también se ejecuta el fichero uninstall.php que pueda tener (o no, no es frecuente la verdad) el plugin en su directorio.
Por lo general, pocos plugins hacen una buena labor de limpieza al desinstalarse y es que claro, el creador del plugin quiere que si en un futuro vuelves a activarlo, tengas todo como tenías antes de haberlo borrado.
Esto tiene un problema y es que los plugins aparte de los ficheros que se instalan y que al estar instalados y activados recargan la ejecución porque obligan a leerlos, interpretarlos y registran multitud de hooks; también guardan cosas en la base de datos que si no tienen protocolos de borrado basado en algunos de estos dos métodos, no se borran.
Básicamente son:
De los plugins que más cosas guardan y que además más se usan es WooCommerce y este hace lo mismo, por defecto no borra nada, pero por fortuna existe un método sencillo para borrar completamente los datos que deja WooCommerce cuando se elimina.
Tan solo tienes que añadir en tu wp-config.php esta directiva:
define( 'WC_REMOVE_ALL_DATA', true );
En la imagen de la entrada tienes claramente el sitio donde debes dejarlo.
Esto es una acción que no se puede deshacer, así que ya sabes, antes de nada si tienes dudas de si te puede hacer falta a futuro, haz una copia de seguridad.
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